Sistem otomatik veya manuel olarak durduğunda membran kılıflarının içerisinde kalan suda bulunan iyonların membran yüzeyine çökelerek tıkanmalara sebep olmaması için yüzey süpürme amaçlı olarak su ile yıkama yapılması gerekmektedir. Ayrıca membranların ham suyun içeriğine bağlı olarak belirli aralıklarla üretim debisi azalmaya başladığında kimyasal yıkama işleminin gerçekleştirilmesi gerekmektedir. Kimyasal yıkama işlemi membranların tıkanmasını önlemek ve kullanım ömrünü uzatmak amacıyla yapılır. Bu amaçlarla membran yıkama ünitesi kullanılmaktadır. CIP tankı ve pompası sistem kapasitesine bağlı olarak hesaplanmaktadır.